北京三甲中医医院有以下六家：

1. 北京中医药大学东直门医院

医院在北京市东城区海运仓5号，于1958年建造完成，医院综合实力较强，集合医疗，科研，教学为一体，是医保定点单位。

2. 首都医科大学附属北京中医医院

医院在位于北京市东城区美术馆后街23、61号，建成于1956年，是一座三级甲等中医医院。

3. 中国中医科学院广安门医院

建成于1955年，实力较强，直属与国家中医药管理局，同样是三级甲等医院。

4. 中国中医科学院西苑医院

医院在北京市海淀区西苑操场1号，建成于1955年底。

5. 望京医院

综合实力与其他三甲医院不分伯仲。

6. 北京中医药大学东方医院

医院位于丰台区方庄芳星园一区，也是三级甲等的医保定点医院。